報關(guān)工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。
　?。ㄒ唬┻M出口貨物的申報
　　進出口貨物的收、發(fā)貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的期限內(nèi)，按海關(guān)規(guī)定的格式填寫進出口貨物報關(guān)單，隨附有關(guān)的貨運、商業(yè)單據(jù)，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關(guān)申報。報關(guān)的主要單證有以下幾種：
　　進口貨物報關(guān)單
　　一般填寫一式二份，報關(guān)單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆；報關(guān)單內(nèi)各欄目，凡海關(guān)規(guī)定有統(tǒng)計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關(guān)員用紅筆填寫；每份報關(guān)單限填報四項貨物；如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報內(nèi)容的，應(yīng)主動、及時向海關(guān)遞交更改單。
　　出口貨物報關(guān)單
　　一般填寫一式兩份，填單要求與進口貨物報關(guān)單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內(nèi)容而未主動、及時更改的，出口報關(guān)后發(fā)生退關(guān)情況，報關(guān)單位應(yīng)在三天內(nèi)向海關(guān)辦理更正手續(xù)。
　　隨報關(guān)單交驗的貨運、商業(yè)單據(jù)
　　任何進出口貨物通過海關(guān)，都必須在向海關(guān)遞交以填好的報關(guān)單的同時，交驗有關(guān)的貨運和商業(yè)單據(jù)，接受海關(guān)審核諸種單證是否一致，并由海關(guān)審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運貨物的憑證。隨報關(guān)單同時交驗的貨運和商業(yè)單據(jù)有：海運進口提貨單；海運出口裝貨單（需報關(guān)單位蓋章）；陸、空運運單；貨物的發(fā)票（其份數(shù)比報關(guān)單少一份，需報關(guān)單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數(shù)與發(fā)票相等，需報關(guān)單位蓋章）等。需要說明的是如海關(guān)認為必要，報關(guān)單位還應(yīng)交驗貿(mào)易合同、定貨卡片、產(chǎn)地證明等。另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗的貨物，應(yīng)在向海關(guān)申請并已辦妥手續(xù)后，隨報關(guān)單交驗有關(guān)證明文件。
　　進（出）口貨物許可證
　　進出口貨物許可證制度，是對進出口貿(mào)易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關(guān)交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調(diào)整公布。凡按國家規(guī)定應(yīng)申領(lǐng)進出口貨物許可證的商品，報關(guān)時都必須交驗由對外貿(mào)易管理部門簽發(fā)的進出口貨物許可證，并經(jīng)海關(guān)查驗合格無誤后始能放行。但對外經(jīng)濟貿(mào)易合作部所屬的進出口公司、經(jīng)國務(wù)院批準經(jīng)營進出口業(yè)務(wù)的個部位所屬的工貿(mào)公司、個?。ㄖ陛犑小⒆灾螀^(qū)）所屬的進出口公司，在批準的經(jīng)營范圍內(nèi)進出口商品，視為以取得許可，免領(lǐng)進出口貨物許可證，只憑報關(guān)單即可向海關(guān)申報；只有在經(jīng)營進出口經(jīng)營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。
　　商檢證書
　　海關(guān)指示報關(guān)單位出具商檢證書，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機構(gòu)檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構(gòu)實施檢驗的進出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應(yīng)在報關(guān)前向商品檢驗機構(gòu)報驗。報關(guān)時，對進口商品，海關(guān)憑商檢機構(gòu)簽發(fā)的檢驗證書或在進口貨物報關(guān)單上加蓋的印章驗收。
　　除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進出口管制貨物，報關(guān)單位也必須向海關(guān)提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進出口貨物批準單證，由海關(guān)查驗合格無誤后再予以放行。諸如食品衛(wèi)生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。
　?。ǘ┻M出口貨物的查驗
　　進出口貨物，除海關(guān)總署特準查驗的以外，都應(yīng)接受海關(guān)查驗。查驗的目的是核對報關(guān)單證所報內(nèi)容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。
　　海關(guān)查驗貨物，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經(jīng)海關(guān)同意，海關(guān)可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應(yīng)提供往返交通工具和住宿并支付費用。
　　海關(guān)查驗貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關(guān)的要求負責(zé)辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關(guān)認為必要時，可以徑行開驗、復(fù)驗或者提取貨樣、貨物保管人應(yīng)當(dāng)?shù)綀鲎鳛橐娮C人。
　　查驗貨物時，由于海關(guān)關(guān)員責(zé)任造成被查貨物損壞的，海關(guān)應(yīng)按規(guī)定賠償當(dāng)事人的直接經(jīng)濟損失。賠償辦法：由海關(guān)關(guān)員如實填寫《中華人民共和國海關(guān)查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關(guān)員和當(dāng)事人雙方簽字，各流一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構(gòu)出具的鑒定證明確定），以海關(guān)審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關(guān)填發(fā)《中華人民共和國海關(guān)損壞貨物、物品賠償通知單》，當(dāng)事人自收到《通知單》之日起，三個月內(nèi)憑單向海關(guān)領(lǐng)取賠款或?qū)y行帳號通知海關(guān)劃撥，逾期海關(guān)不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
　?。ㄈ┻M出口貨物的放行
　　海關(guān)對進出口貨物的報關(guān)，經(jīng)過審核報關(guān)單據(jù)、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關(guān)單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關(guān)對進出口貨物的監(jiān)管才算結(jié)束。
　　另外，進出口貨物因各種原因需海關(guān)特殊處理的，可向海關(guān)申請擔(dān)保放行。海關(guān)對擔(dān)保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。
　　再詳細點說如下：
　　進口報關(guān)的基本程序：接受申報→審核單證→查驗貨物→辦理征稅→結(jié)關(guān)放行。
　　1.用換來的提貨單（1、3）聯(lián)并附上報關(guān)單據(jù)前去報關(guān)。報關(guān)單據(jù)：提貨單（1、3）聯(lián)海關(guān)放行后，在白聯(lián)上加蓋放行章，發(fā)還給進口方作為提貨的憑證。正本箱單、正本發(fā)票、合同、進口報關(guān)單一式兩份、正本報關(guān)委托協(xié)議書、海關(guān)監(jiān)管條件所涉及的各類證件。
　　注意事項:
　?。?）接到客戶全套單據(jù)后，應(yīng)確認貨物的商品編碼，然后查閱海關(guān)稅則，確認進口稅率、確認貨物需要什么監(jiān)管條件，如需做各種檢驗，則應(yīng)在報關(guān)前向有關(guān)機構(gòu)報驗。報驗所需單據(jù)：報驗申請單、正本箱單發(fā)票、合同、進口報關(guān)單兩份。
　?。?）換單時應(yīng)催促船舶代理部門及時給海關(guān)傳艙單，如有問題應(yīng)與海關(guān)艙單室取得聯(lián)系，確認艙單是否轉(zhuǎn)到海關(guān)。
　?。?）當(dāng)海關(guān)要求開箱查驗貨物時，應(yīng)提前與場站取得聯(lián)系，調(diào)配機力將所查箱子調(diào)至海關(guān)指定的場站。（事先應(yīng)與場站確認好調(diào)箱費、掏箱費。）
　　2.若是法檢商品應(yīng)辦理驗貨手續(xù)。
　　如需商檢，則要在報關(guān)前，拿進口商檢申請單（帶公章）和兩份報關(guān)單辦理登記手續(xù)，并在報關(guān)單上蓋商檢登記在案章以便通關(guān)。驗貨手續(xù)在最終目的地辦理。如需動植檢，也要在報關(guān)前拿箱單發(fā)票合同報關(guān)單去代報驗機構(gòu)申請報驗，在報關(guān)單上蓋放行以便通關(guān)，驗貨手續(xù)可在通關(guān)后堆場進行。

報檢業(yè)務(wù)流程大致可分為：報檢申請（報檢人提供外貿(mào)合同、發(fā)票、提單、裝箱單、信用證等單證；實施安全質(zhì)量許可、衛(wèi)生檢疫注冊的應(yīng)提交有關(guān)證明文件復(fù)印件，并在報檢單上注名文件號）；報檢（將申請的相關(guān)信息錄入CIQ2000系統(tǒng)，并將相關(guān)單證遞交檢驗檢疫局檢務(wù)部門受理）；施檢部門施檢（施檢部門接受單據(jù)、確認、檢驗、結(jié)果登記、擬制證稿、審核簽字）；簽發(fā)證書（檢務(wù)部門對施檢部門擬稿審核，并簽發(fā)證書）。
入境貨物的檢驗檢疫工作程序可以分為：申請報檢、受理報檢、辦理通關(guān)、實施檢驗檢疫、放行
　　1）法定檢驗檢疫入境貨物的貨主或其代理人首先向卸貨口岸或到達站的出入境檢驗檢疫機構(gòu)申請報檢。
　　2）檢驗檢疫機構(gòu)受理報檢，轉(zhuǎn)施檢部門簽署意見，計收費。
　　3）對來自疫區(qū)的、可能傳播傳染病、動植物疫情的入境貨物交通工具或運輸包裝實施必要的檢疫、消毒、衛(wèi)生除害處理后，簽發(fā)《入境貨物通關(guān)單》（入境廢物、活動物等除外）供報檢人辦理海關(guān)的通關(guān)手續(xù)；
　　4）貨物通關(guān)后，入境貨物的貨主或其代理人需在檢驗檢疫機構(gòu)規(guī)定的時間和地點到指定的檢驗檢疫機構(gòu)聯(lián)系對貨物實施檢驗檢疫。
　　5）經(jīng)檢驗檢疫合格的入境貨物簽發(fā)《入境貨物檢驗檢疫證明》放行，經(jīng)檢驗檢疫不合格的貨物簽發(fā)檢驗檢疫處理通知書，需要索賠的簽發(fā)檢驗檢疫證書。
　　出口報檢流程：接單、審單、預(yù)錄、申報、驗貨、放行、下帳
　　1）接單
　　報檢操作人員接到客戶或內(nèi)部轉(zhuǎn)來的單據(jù)后，在專門的登記薄上登記，有特殊要求的應(yīng)注明，并詢問出口的大致日期，出口運輸方式是否需要出具檢疫部門的證書等。
　　2）審單
　　首先要核對出口報檢單據(jù)是否齊全。單據(jù)有：發(fā)票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業(yè)必須提供正本報檢委托書)；有特殊要求的其他單據(jù)：使用信用證結(jié)匯的須提供信用證復(fù)印件、貨物外包裝（紙箱、塑編袋、網(wǎng)袋、桶包裝的涉及食品安全衛(wèi)生標示的），必須提供《出境貨物運輸包裝性能檢驗結(jié)果單》正本；出口換證商品必須提供《出境貨物換證憑單》正本；出口安全質(zhì)量許可、食品衛(wèi)生監(jiān)督等管理范圍之內(nèi)的商品，必須提供生產(chǎn)廠家的兩證管理編號以及廠檢合格單等；出口熏蒸貨物必須提供場站入貨通知書，并且確認貨物存放于場站熏蒸區(qū)。
　　3）預(yù)錄
　　（1）出口單據(jù)審核完畢后，使用九城單證系統(tǒng)對單據(jù)進行預(yù)錄入。預(yù)錄入過程中，可以根據(jù)系統(tǒng)提示制單，并且可以根據(jù)系統(tǒng)對商品編碼的要求最終確認所需單據(jù)是否齊全。（九城單證系統(tǒng)在線更新，所以很多編碼要求及時更新）
　?。?）在制單過程中出現(xiàn)計量單位與海關(guān)的計量單位沖突時，第一計量單位按商檢規(guī)定的計量單位輸入，第二計量單位按海關(guān)的規(guī)定輸入。
　?。?）在制單預(yù)錄入的過程中如果出現(xiàn)問題應(yīng)及時與客戶或操作人員聯(lián)系。
　?。?）一般在預(yù)錄入后待系統(tǒng)自動生成預(yù)錄入報檢編號后，打印報檢出境貨物報檢單，交給報檢員。
　　4）申報
　?。?）報檢員在接到全套申報單據(jù)發(fā)票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業(yè)必須提供正本報檢委托書)、有特殊要求的其他單據(jù)后，在報驗申請單上填寫隨附單據(jù)并注明，報檢員簽名。
　　（2）到報檢前臺申報，隨時解答商檢官員對商品的提問，報檢員必須對所申報商品及客戶情況有所了解。
　　（3）申報完成，報檢員根據(jù)申報貨物的不同，將申報單據(jù)轉(zhuǎn)往各個科室，并且根據(jù)各個科室的不同要求對單據(jù)進行登記。
　　5）驗貨
　?。?）申報完畢的單據(jù)，報檢員要及時聯(lián)系客戶驗貨，到檢疫局科室預(yù)約驗貨時間并告知客戶。
　?。?）驗貨完畢后將單據(jù)轉(zhuǎn)回各科室。
　　6）放行
　?。?）出口驗貨后到科室將驗貨單據(jù)找出，根據(jù)科室要求不同填寫驗貨單據(jù)交科室主管人員簽字，并在電腦中過機放行。
　?。?）到計費處計費，然后到商檢財務(wù)繳納檢疫費。
　?。?）打印《出口貨物通關(guān)單》，如果需要出具檢疫部門證書的，還需在單據(jù)中注明，以便日后出具檢疫證書。
　?。?）放行后將通關(guān)單交給報檢操作人員或報關(guān)人員簽收。
　　7）下帳
　　（1）報檢員將出口通關(guān)單及商檢發(fā)票交給操作人員，操作人員將其復(fù)印登記留底，并注明公司編號。
　?。?）將正本通關(guān)單交給報關(guān)員報關(guān)使用。